（一）办公室
协助中心领导对各部（室）工作进行综合协调，组织、承办中心日常政务工作，提供后勤保障，负责文秘、宣传、保密、政务信息、督办、接待及会议组织等工作；负责业务和文书的纸质、电子档案的管理和利用；负责联系住房公积金管理委员会，承办住房公积金管理委员会日常事务。
（二）政策法规部（执法与信访部）
住房公积金政策法规的立法调研、起草、修改和解释；起草重要的文件和报告；组织政策性课题研究，提出本市住房公积金制度的发展规划；组织行政处罚；参加行政复议和行政诉讼；申请人民法院强制执行。
（三）会计部（资金结算部）
负责住房公积金资金的计划管理、调度及保值增值；负责组织资金的会计核算、财务管理和监督；负责指导、监督、考核分中心、管理部、办事处、受托银行和单位的财务管理、会计核算及中心机构财务的经费核算。
（四）归集部
负责住房公积金归集和提取业务；负责组织实施住房公积金年度基数调整、催缴、督缴和扩大缴存覆盖面；负责审核单位降低住房公积金缴存比例和缓缴住房公积金；负责下属事业单位和受托银行住房公积金归集、提取业务的指导、培训、监管和考核工作。
（五）贷款管理部
负责住房公积金贷款管理和贷款政策研究工作，编制年度贷款计划；负责下属事业单位、受托银行贷款业务的指导、监管和考核工作；负责住房公积金贷款业务培训和贷后管理及风险防控工作；负责征信系统的管理工作。
（六）业务审批部
负责组织实施本部门行政审批制度改革工作；负责住房公积金提取、贷款及其他业务的审批工作；负责下属单位和受托银行审批业务的指导、培训、监管和考核工作；负责行政审批信息报送、统计等工作。
（七）审计稽查部
负责对中心本部、分中心、管理部、办事处财务计划或预算的执行和决算、财务管理和效益情况、内部控制制度、风险管理等项目进行审计；负责对住房公积金、机构财务预算资金进行定期和专项审计；负责对分中心、管理部、办事处和委托业务费使用情况进行审计；负责对受托银行住房公积金归集、个人住房公积金贷款业务进行过程性和结果性稽核。
（八）信息技术部
负责住房公积金归集、提取、贷款等业务信息的采集、建立和维护、处理，并核对单位、职工公积金信息明细账、各项业务信息的综合统计分析；负责对外信息的查询、发布，社会相关信息的收集、整理、使用和信息代码的统一管理；负责对分中心、管理部、办事处和受托银行的相关信息管理工作进行指导、监督和协调。负责保障公积金业务系统、办公自动化系统、网站系统正常工作；负责组织计算机应用项目的开发、调试、验收及技术资料的整理和归档；负责编制并组织实施计算机系统配套的计划和中长期发展规划；负责为中心计算机等设备的采购、验收提供技术支持。
（九）组织人事部
负责中心本部和指导下属事业单位的党建、思想政治工作和工、青、妇工作；负责中心本部和指导下属事业单位的人事管理、机构编制、工资福利、教育培训、计划生育等工作；负责中心本部和指导下属事业单位的离退休人员服务工作。
（十）纪检监察室
负责中心本部和指导下属事业单位的监察、纪检工作；参与财务审计工作。
二、下辖机构及职能
36365广铁分中心，为36365的分支机构（非独立法人），副处级事业单位，负责广东省境内铁路单位职工住房公积金归集、提取、贷款等管理工作。
36365番禺、花都、从化、增城办事处，为中心业务经办网点，负责辖区内的住房公积金的归集、提取、贷款等具体管理工作。
36365越秀、荔湾、海珠、天河、白云、黄埔、萝岗、南沙管理部，为中心的办事机构，副处级事业单位；其中，天河管理部负责办理省属单位、中央驻穗单位、市属单位和天河区公积金的归集、提取、贷款等具体管理工作，其他7个管理部负责办理辖区内公积金的归集、提取、贷款等具体管理工作。
